Bài giảng môn Sinh học - Bài 1: Tìm kiếm trình tự sinh học

ÔN TẬP BÀI 1: TÌM KIẾM TRÌNH TỰ SINH HỌC Trình tự sinh học: DNA, RNA, proteinTìm kiếm trình tự sinh học*Nguyên tắc tìm kiếm trình tự sau khi đã giải trình tự1.Tìm bằng từ khóa: 2.Công cụ tìm kiếm -Mã số truy cập -Tên (gene hay Protein) -GI -Độ dài trình tự -Trọng lượng phân tử -Tên tác giả giải trình tự 	 3. Lọc trình tự *Tìm kiếm trình tự sinh họcKết quả cần tìmTìm kiếm trình tự sinh học*Tìm kiếm trình tự sinh học qua NCBI-GeneNucleotide ProteinTìm kiếm trình tự qua mã số truy cậpTìm kiếm trình tự sinh học* 1. Tìm qua mã số truy cập:8 ký tự : 2 chữ và 6 số ví dụ như AY6906406 ký tự : 1 chữ và 5 số ví dụ như U200682. Tìm tên gene3. Tìm tên loài4. Tìm số GIKết quả tìm trình tự DNA qua mã số truy cậpGiới thiệu môn học*Tìm kiếm trình tự sinh học*Tìm kiếm trình tự qua tên geneTìm kiếm trình tự sinh học*Cách lấy trình tự theo định dang FASTAGiới thiệu môn học*Định dạng FASTA >tên trình tự gattctcacttggtctgctgcaaggacgcggaccattaaaactgttcatggcccttgtggcgttctcgtttcctaacaatcccaccaacagcagggatactaaaaagatggggaacgatcaaaaaatcaaaagctatcaatgtcttgagagggttcaggaaagagattggaaggatgctgaacatcttgaacaggagacgcaggacagcaggcgtgattgttatgttgattccacagcgatggcgttccatttaaccacacgcaatgg Tìm kiếm trình tự sinh học*Kết quả tìm kiếm bộ geneGiới thiệu môn học*Tìm kiếm trình tự proteinTìm kiếm trình tự sinh học*Tìm kiếm trình tự qua tên sinh vật Giới thiệu môn học*Thiết kế mồiGiới thiệu môn học*Trình tự DNA khuônCác qui tắc chọn primerThông số của phản ứng PCRThiết kế PrimerLấy các thông số từ phần mềm2. Kiểm tra đặc hiệu của Primer bằng blastSử dụng phần mềm FastPCRGiới thiệu môn học*Kết quả phản ứng của Tm của mồi xuôiGiới thiệu môn học* Kết quả phân tích mồi ngượcGiới thiệu môn học*Kiểm tra độ đặc hiệu mồi bằng blastGiới thiệu môn học*Nucleotide blastGiới thiệu môn học*Tính tương đồng của của các primerGiới thiệu môn học*Độ đặc hiệu của mồi Giới thiệu môn học*CÔNG CỤ VÀ CÁCH THỰC HiỆN Tìm ORF finder trong google ORF FINDER (OPEN READING FRAME FINDER)Nhập trình tự DNA vào khung ORF finderNhập trình tự Khung đọc mở (ORF)Forward DNA strandReverse DNA strandF1F2F3F6F5F4****Start signalStop signal*********Total ORFs in F1: 3Total ORFs in F2: 2Total ORFs in F3: 1Total ORFs in F4: 1Total ORFs in F5: 3Total ORFs in F6: 2Total ORFs: 12Trình tự DNA có thể được đọc trong 6 khung đọc ở các sinh vật có DNA mạch đôi; 3 khung đọc trên mỗi mạch.. Chiều dịch mã trong sáu khuôn đọc ORF5’ AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCA 3’3’ TTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT 5’AATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCAAATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCAAATGGCAATCCGCGTAGACTAGGCATTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGTTTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGTTTACCGTTAGGCGCATCTGTATCGT+1-2-3-1+2+3